בהמשך להחלטות הממשלה מס' 1710 מיום 27.5.2007, מס' 4002 מיום 24.8.2008 ומס' 3986 מיום 18.12.2011 בדבר פיתוח נמלי הים המסחריים בים התיכון בישראל, ובהתאם לסעיף 11(א)(9א) לחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה- 1975:
1. לאשר לחברת נמלי ישראל – פיתוח ונכסים בע"מ (להלן – "חברת נמלי ישראל" או "חנ"י") לקבוע בהסכמים שייערכו בינה לבין כל אחת מהחברות שייזכו בהליכים המכרזיים להפעלת המסופים הפרטיים "הדרום" בנמל אשדוד ו"המפרץ" בנמל חיפה (להלן בהתאמה – ההסכם, התאגיד המפעיל) התחייבות למתן פיצוי כספי על ידי חברת נמלי ישראל לתאגיד המפעיל במקרים הבאים:
א) פיצוי בשל ביטול או שינוי כתב ההסמכה של התאגיד לפי סעיף 10 לחוק רשות הספנות והנמלים, התשס"ד-2004 (להלן – "כתב ההסמכה"), שאינו נובע ממעשה או מחדל של התאגיד המפעיל, ובלבד שיש בכך כדי להשפיע לרעה, באופן מהותי, על מצבו הכלכלי של התאגיד המפעיל בהתאם לכתב ההסמכה והוא נעשה לגבי אותו התאגיד בלבד או שינוי או ביטול כאמור שיחול רק לגבי שני התאגידים המפעילים.
הפיצוי הכספי יינתן לתאגיד ככל שהתקיימו התנאים בסעיף זה באופן שיקל על הפגיעה הכלכלית שנגרמה בשל שינוי כתב ההסמכה.
ב) פיצוי על ידי חברת נמלי ישראל בשל עיכוב של המדינה בהסדרת דרך גישה או מסילת ברזל לשטח ההסמכה של התאגיד המפעיל לפי כתב ההסמכה אשר יגרום למניעה במתן שירותי נמל על ידי התאגיד המפעיל לפי כתב ההסמכה, שיינתן באופן הבא:
1) עיכוב בהסדרת דרך גישה לשטח התאגיד לפי כתב ההסמכה יזכה את התאגיד בפיצוי בשיעור של עד 110,000 ש"ח ליום, בסך כולל שלא יעלה על 40 מיליון ש"ח בשנה ולתקופה שאינה עולה על שלוש שנים;
2) בשל עיכוב בהסדרת מסילת ברזל בשטח התאגיד לפי כתב ההסמכה, יינתן פיצוי בשיעור של 100 ש"ח למכולה, ובכל מקרה בסך כולל שלא יעלה על 4 מיליון ש"ח בשנה, ככל שנתבקש לגבי אותה מכולה, מאת התאגיד המפעיל, שינועה ברכבת, ובלבד שהעברת המכולה לרכבת או מהרכבת לא נעשתה על ידי חברת נמלי ישראל;
3) עיכוב בהסדרת דרך גישה כאמור בפסקה (ב1) במשך זמן העולה על שנתיים מיום מסירת השטח לתאגיד יקנה לתאגיד זכות לבטל את ההסכם.
2. ככל שחנ"י תתחייב על מתן פיצוי כאמור בסעיף 1 לעיל, בביצוע שינוי או ביטול של כתב ההסמכה של התאגיד המפעיל ישקלו שר התחבורה והבטיחות בדרכים ושר האוצר, בין היתר, את השלכות השינוי או הביטול על האיתנות הפיננסית של חברת נמלי ישראל ועל יכולתה להגשים את מטרותיה על פי חוק רשות הספנות והנמלים, התשס"ד-2004.